辣椒在大約一萬年前就已經馴化。根據柯爾地斯的記載，阿茲特克帝國的末代皇帝，喝的就是摻了辣椒的可可。當時的可可是「又苦又辣」的，與現代的任何可可或巧克力都不一樣。
因為化石證據，過去一直認為辣椒是在中美洲的高地馴化。但是，最近有研究團隊提出了不同的看法。
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