這個夏天，帝都大學天才物理學家湯川學（福山雅治 飾），因海底礦物開發計畫，來到擁有美麗海景的沒落小鎮玻璃浦，同時，小學五年級的柄崎恭平（山崎光 飾），也來到在此地經營「綠岩莊」的姑姑家過暑假。

沒想到才剛抵達，兩人隨即被捲入一起命案，與湯川同天入住綠岩莊的退休刑警塚原正次（塩見三省 飾），被發現陳屍在距離綠岩莊四百公尺的堤防下，案件引起警視廳的重視，搜查一課的草薙俊平（北村一輝 飾）和岸谷美砂（吉高由里子 飾）奉命調查，隨著調查越深入，真相也越加撲朔迷離，少年恭平與正在考慮歇業的綠岩莊老闆川畑重治 （前田吟 飾) 川畑節子 (風吹純 飾) 夫婦，還有致力環境保護的老闆女兒──川畑成實（杏 飾），皆圍繞在錯綜迷離的命案之中。

究竟塚原為何前來玻璃浦？又為何離奇死亡？此次湯川學將走出實驗室，除了與最討厭的小孩相處，還須與警視廳攜手解開古怪難解的謎團……

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