不斷奔走後學者終於找到尚未被侵蝕的合作人，兩人一同來到魔法議會的遺址與觀測員亡魂碰面，由於觀測員喪失部分記憶，三方討論後決定（再次）進行次元連結
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先前逃出的混沌之力藉機奪舍了合作人，並藉由連結釋放出另一個混沌之力，之後將學者扔進異次元，學者就這樣被「C」的保全系統殺害
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學者的亡魂有幸保留全部記憶，決心繼續研究找出封印異次元和混沌的方法，並將連結次元的鑰匙變成妖精去尋找能做到這一切的勇者
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兩股混沌之力不斷尋找新肉體並禍害人間後，一日找上了和大魔法師同名的主角「C」作為新玩具
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混沌之力表面上作為主角同伴，實際上不斷運用自身魔力扭曲主角周遭的現實，試圖蠱惑並摧殘主角的意識，但主角憑藉強大的精神力與常識一次又一次的挺過
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久而久之玩膩了的混沌之力打算搞掉主角再找新玩具，所幸此時妖精已找到了主角，並成功從混沌手上挽救主角性命
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學者經研究後判定「C」的保全系統需要極高的魔力來突破，因此妖精之後不斷地向主角送上各種增幅魔力的道具，不知情的主角也就這樣被救命恩人半推半就的收下一切
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最終在妖精的引導下，主角和學者亡魂會面，並透過學者的理解得知真相，學者雖然對主角的實力尚有存疑，但狀況緊急也不容許太多的猶豫，妖精再次進行次元連結後，主角也被學者半推半就的送進異次元
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在異次元中，主角見到了同名的大魔法師「C」的亡魂，同時得知了保全系統只是當純的會排除「C」以外的人，而同樣名為「C」的主角剛好鑽到這個系統漏洞
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大魔法師告知主角自己留有一樣重置用緊急裝置，不過這樣裝置必須要有足夠的魔力和正能量來啟動，剛好在妖精協助下主角已具備足夠的魔力，為了回歸和平生活主角也只能答應
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但裝置啟動時，主角回想起自己的歷程始終都是被兩坨混沌玩弄，過程中也受了不少傷，得知的真相也是一群不認識的傢伙突然向自己塞來一堆不清不楚的情報，自己始終都是被牽著鼻子走，一想到這裡心中頓時負能量爆發
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出乎意料的，主角不向周遭妥協的負能量反而成功啟動裝置，兩股混沌之力再次被封入異次元，而次元縫隙也被成功封閉
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一切結束後，至今為止多彩的世界回歸荒蕪的景色，象徵混沌已從世上消失，而一切生機將再次復甦，回歸後妖精向主角道別後用盡力氣而亡，主角開始了新的生活

以上，便是獨角獸查理的主線（無誤）
主角「C」不用說就是掐理本人，兩股混沌則是粉藍兩亂源，至於妖精...就是第三集登場的那隻海星
不信請看：Charlie the Unicorn: The Grand Finale (COMPLETE)