Kunext
說
對了，請教一下橘子關於蛋白質結構解析，請問目前還是都是透過結晶之後，到同步做繞射計算嗎？或是有其他方法？譬如以電子顯微鏡做疊層分析，是否可以求出結構？
Kunext
說
另外想知道蛋白質得大小(空間大小)大概如何估算，譬如有一個300a.a.的蛋白，*110大概可得出分子量? 那怎麼估算他大約有多大(nm)呢?
咖啡橘子
說
橘子一直裝屎
超麻煩的問題啊
哈哈，橘子產季不是到了，應該活躍起來才對
咖啡橘子
說
電子顯微鏡做層疊分析只能知道單體的排列狀況, 無法知道奇二級結構的確定位置(也就是說看到的其外型,看不出內部構造)
咖啡橘子
說
另外解析的方法大概就是NMR了吧
意思是只能看到外側的結構，被包覆的部分看不到嗎？
咖啡橘子
說
另外,蛋白質得大小(空間大小)大概如何估算, 如果你有他的DNA或蛋白質序列,我印象中網路上有一些可以預測構造的網站
有蛋白質序列
咖啡橘子
說
不過所謂的預測,也就是把現行已解出的蛋白質結構當data base,然後運算過後推斷他可能的結構狀態
咖啡橘子
說
空間結構會因蛋白質的折疊方式而異,我無法以他的分子量推斷...但是總長有多少,我應該可以計算一下XD
太感謝了！
另外請教一下，前面提到預測是和現行的data base比對，那如果我想分析點突變造成的結構變異，有機會嗎？
咖啡橘子
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咖啡橘子
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還是可以試試看
咖啡橘子
說
但是因為不是真的結構,不知到軟體有沒有那麼聰明
Kunext
說
像那篇裡面提到的PDB就是可以用來預測的嗎?
咖啡橘子
說
PDB=Protien data bank的簡稱 RCSB Protein Data Bank - RCSB PDB
咖啡橘子
說
婀....是資料庫,我忘了裡面有沒有預測軟體
咖啡橘子
說
首頁,選analyze裡面有可以分析的軟體
咖啡橘子
說
300個aa,大概130nm長吧!? 但是...這是把它"拉直"的結果.結構上的長度應該不是這樣的
Kunext
說
了解，我再來試試看！
Kunext
說
(選項好多 慢慢摸索中)
咖啡橘子
說
加油~
專業! 