基因改造作物最大的問題，不在於一般人臆測的不正常型態與對其莫名的恐懼，而是其以"提高產量"為目標的｢調整｣，讓作物本身的特徵歧異性被簡化，甚至單一化。

而在現今，未有完整模組化環境控制之垂直農場的狀況下，使用基改作物必須要建立高穩定性的農地環境，相對來說，也就是基改作物的環境需求高(生物適應性低)。因此，比起基改作物一時能帶來的好處(不需農藥、除草劑)，為了創造｢適合｣的環境，所需的代價與之後衍生的後果，其成本(不論有形無形)都非常地巨大。

諸如：
可能基改作物需要高水量，為了灌溉超抽地下水，造成地層加劇下陷。
可能基改作物需要大量營養，為了灌輸營養施肥，造成土壤鹽化。
可能基改作物需要多重儀器監控，為了購置器材，造成農民負債累累。
可能基改作物需要單一性質的環境，為了維持周邊，而毀滅性地破壞了環境與生物多樣性。

而這些可能都可能是同時發生。