mmm pues digamos que la pantalla esta recorrida a la derecha, ya revise en /etc/ y no tengo X11, debo confesar que es la primera vez que instalo gentoo y fue desde el livedvd
ese programa te da la posibilidad de hace el ajuste que quieres. Presiona el botón Left hasta que quede la pantalla de forma correcta; entonces, presiona el botón Modeline...