而且paper上的type V 和type VII 是用mec來分的(mecC1/C2)

我們C2primer的來源 要在哪裡找??

請洽438大神 陳博士

C2是日本教授的paper的,記得之前你有找過,說不定其序列的差異不足以訂為新的allotype

但不代表序列差異不足以設計specific的primer

我去對了一下 有88%差異 所以不能當作新的allotype 但是V和VII的ccr都是C1

我不太確定你看到的所謂的allotype確實定義是啥...我懶得找...所以我先不想理allotype的事,就我知道的跟你說

取兩個例子給你...1.groESL幾乎每種菌都有,大家都叫groESL,但不代表序列完全相同,所以我們家還是有針對不同菌的groESL所設計的特異性primer,可用來偵測不同菌株

只有在mec上有差異

2.fusB, fusC, fusD這三個基因,功能應該相同但序列相似度小於80%,所以被命名為不同基因...

88%相似 打錯了

所以既然都還叫做C1,C2沒有重新命名,說不定就是序列很像阿...但不足以命其他名字...不過這都是我的推測罷了...因為我沒有對序列也沒有去看allotype的定義...

謝謝曾博士cue我...說不定遠在他鄉的洪博士有對過序列可以給大家更詳盡的解答~~

就算他命名為ccrC8或C2 他還是屬於C1? 這樣不就沒辦法分出V 和VII?

你有沒有看錯mec complex跟ccr的分類...

2009年的review寫說要小於50%相似才能訂為不同的allotype

2009年的nature review第五型mecC2/ccrC(我想這是所謂的C1),第七型mecC1 or C2/ccrC2 and C8

我不知道後來有沒有重分啦...

我的groEL的例子不就再告訴你就算名字一樣序列也不見得完全相同嗎?

只要序列有不同都還是有可能可以設計primer分

www.sccmec.org/Pages/SCC...

你要跟我討論直接在實驗室跟我討論啦...不然我要打好多字喔

你哪裡看到甚麼問題,請拿paper跟你想問的問題來找我,謝謝...

2011年的review有附上這個網站 最新的分行

恩恩 感謝

那個網站的Guidelines關於ccrC那裡可以解答你的疑惑...請去看

大寶你有看到嗎?

恩恩

看完了

ccrC1 allele 2 or ccrC1 allele 8

請問VII指得是台灣型第五型嗎？

第七型??

VT 就是第七型?? 還是新的分型又不一樣了

這個是 日本標準順天堂大學的SCCmec typing方法

俺有點困惑大寶想分SCCmec到什麼地步(其實是字太多了，俺懶得follow)

大寶是要做hominis的分類嗎？

haemolyticus的分類

目前只有少數菌株ccrC有東西....mutiplex幾乎都沒有

(所以不是要分到甚麼地步,因為幾乎沒有辦法分 )

安老出了功課給她要她做整理跟想之後要怎麼做...

老師給我的那篇 在ccr部分 分出的有A5B3 A4B4 A2B2+C1

aureus要做SCCmec到極致，其實要做mec complex、ccr complex跟J region

別的菌跟aureus的結構又可能有差，小心啦~~

可能用的multipex對haemo來說就是分不太出來吧

所以你可以想想看A5B3,A4B4這種要怎麼辦(我是說類似這個方向)...

1.我們家有沒有primer可以測...2.沒有的話怎麼辦....

(俺跟這邊的SCCmec typing專家說：鄧老師實驗室在戰SCCmec。岩尾：要是我會中文我也好想加入XDDD)

恩恩 了解

aureus真的好極致喔,順天堂那個也太詳細了吧

順天堂大學的方法，用兩個multiplex PCR輕鬆分六型

真酷...我愛順天堂..

要不要order他們的primers? alpha1~3跟beta跟我們用的是一樣的

還不到戰的地步啦...岩尾不用太期待

我多看一點 明天再繼續發問吧 感謝

害~~

有英文的ㄇ＠＠

看無

俺只找得到日文...

kondo et al, 2007 英文版的