此外,逆轉檢察官特有的系統就是御劍的邏輯及二代的邏輯棋局。邏輯推理是拼湊兩個相關的線索,進行案件推論,基本上難度並不高,就是很單純的線索連連看。
二代的邏輯棋局則是觀察對方的反應及言論,在時限中以話術攻陷對方心防,以獲取新情報,但實際上就是依序選擇必要的選項,有些話術邏輯感覺有些牽強。
說實話,這兩個系統遊戲性並不是特別好,不過相較於逆轉裁判主角的各種特殊能力(勾玉測謊、小動作識破、心理觀察),御劍的推理及邏輯棋局依然在普通人的範疇中,表現出御劍重視實務邏輯的嚴謹性格,尤其是邏輯棋局在二代的某些劇情演出特別好。
當然逆轉檢察官依然有血條的設定,提出錯誤的證物或推理就會被扣血,但遊戲能隨時隨地使出SL大法,基本上沒什麼難度。