宅基生命研究所 認為:告解室中的,其實是人類與神的對談。
人類恐懼知性,恐懼求知可能造成的破壞。對地動說的研究,是在培養怪獸,足以動搖信仰的怪獸,動搖教會統治的怪獸;另一方面,求知慾若到了噬人的地步,也同樣是怪獸;動畫OP〈怪獸〉正印證了這個主題。
人類願意為知性而犧牲,高潔而尊貴,這是第一章殉道的拉斐爾所表達的一面;人類為了獲取知識,可以殘酷的奪取、歪曲,瘋狂而自私,這是第四章殺人奪書的拉斐爾表達的一面。這兩人在此都只是符號,是為了適配作者需要的角色,而選出的演員,並非人格上的延續和轉變。作者選出拉斐爾扮演這兩個角色,是為了將這求知慾的兩面性並列強調。