11月1日開始接受災地區安置場所住民，11月2日第一線醫護人員開打，11月9日嬰兒（6個月以上未滿1歲）開始接種；11月16日起，若國光疫苗取得使用許可，則第二、三、四位順位（孕婦、1歲以上至國小入學前的幼兒、重大傷病者）將同時開打。12月1日將針對國小、國中生學生群，在校施打。

指揮中心將於開打前一週公布接種地點，目前排訂於11月9日開打的嬰兒，將會由衛生局主動聯絡，並公布施種場所，如未接獲通知者，亦可持身分證明文件、健保IC卡及兒童保健手冊至指定的接種地點施種。