新流感疫苗接種優先順位已確定，分為12個順位，其中醫療及防疫相關人員列為第二順位。所稱防疫相關人員包含中央及地方流行疫情指揮中心參與人員。由於中央流行疫情指揮中心最高長官為總指揮官朱立倫副院長，次為指揮官楊志良署長、副指揮官張上淳副署長，因此均列入第二優先順位之接種對象。

至於總統、副總統及行政院長非屬指揮中心人員，等同一般民眾，按照優先順序，依其意願接受施打。 另指揮中心已於第二十三次指揮中心會議作成決議，如果國產疫苗通過臨床試驗證明其安全及有效性，中央防疫人員均接種國產疫苗，以增加民眾對國產疫苗之信心。