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災後龐大的重建和補助費，讓縣市政府壓力沉重，光是台南縣政府，就要負擔高達２０億元的補助，因為受災的淹水補助標準是中央定出來的，台南縣長蘇煥智要求中央說話算話，不能只開支票，卻要地方買單，內政部長廖了以表示會編特別預算來補助。

88水災造成南台灣損失慘重，中央地方合作救災，不過面對現實的經費問題，地方政府喊窮將球丟給中央，救災費用該怎麼編列解套，中央恐怕有得忙。（

一筆龐大的開銷