依照台灣兒童感染醫學會理事長邱南昌的說法，以分子生物學方式腦脊髓液找不到病毒所以台灣兒童腦炎還是因為1.免疫風暴、2.使血管內皮細胞受傷、3.使其他器官受損導致代謝異常造成的，而不是病毒直接攻擊腦部造成的。有時同時存在多種機制