1991年，索馬利亞內戰爆發，當地極為混亂不穩，中國駐索馬利亞大使館也被波及：大使館四周不斷響起槍聲，曾有子彈打進使館內部、炮彈打中經濟商務參贊處的建築物；此外，中國駐索馬利亞大使館多次被人行劫，有中國派駐的人員遭到打傷。因此，中華人民共和國派駐索馬利亞的外交人員、醫療人員和技術員在同年1月5日撤離；中索兩國之間關係沒有因此而斷裂，而中國駐索馬利亞大使館的事務則改由中國駐肯亞大使館辦理