李登輝在《執政告白實錄》 122 頁有一段批評李遠哲的話。

李登輝說﹕「這個人﹐以為自己是萬能的﹐教改要管﹐921重建他在行﹐兩岸問題希望插一手﹐到處點到為止﹐卻從來不願意腳踏實地做最基本的苦工﹐這會變成是在搞造神運動﹐無法真為國家做事。」