後水尾天皇是後陽成天皇第三皇子，母親為女御近衛前子。他於1611年接受後陽成天皇的讓位。原本後陽成天皇有意將帝位禪讓給他自己的弟弟八條宮智仁親王，因此後水尾天皇與其父之間關係並不和睦。後陽成天皇的讓位是出於德川家康的意思，由於幕府初建，需要朝廷的權威做為後盾，而朝廷則需要幕府的金錢援助，只好屈從幕府威勢下