由於明正天皇是當時三代將軍德川家光的外甥女，和德川家有血緣關係，所以在她任內與幕府保持良好的關係。1643年讓位給異母弟後光明天皇，成為太上天皇，並由幕府方面得到每年五千石的貢米。明正天皇退位後又多活了50多年。明正天皇先後歷經後光明天皇，後西天皇，靈元天皇，東山天皇四朝。直到元祿九年十一月十日(1696年12月4日)明正天皇過世，享壽七十二歲。諡號「明正」二字是由古代元明天皇與元正天皇兩位女帝諡號各取一字，葬在京都的月輪陵。