佐渡島的降水主要集中在梅雨末期和初冬，和新潟縣本土相比降水量較少。在低氣壓和颱風通過日本海時，佐渡島常有焚風現象發生造成氣溫急劇升高。佐渡市是暖流和寒流的交匯點，因此植物生態非常多樣，且水產資源亦很豐富。