五世達賴喇嘛統治之時，中國正發生著翻天覆地的變化。後金崛起，不斷攻擊明朝的東北邊疆。皇太極在1636年建立大清，並迫使朝鮮成為其屬國。不久，達賴喇嘛派遣使者伊拉古克三呼圖克圖前去盛京，表示願意支援。滿洲人、蒙古人都信奉藏傳佛教，非常重視同西藏的關係。1644年（順治元年），清兵入關，佔據了北京。順治帝遣使存問，邀請五世達賴喇嘛來北京，但此時達賴喇嘛的權力剛剛穩固，便以邀請沒有正當理由為由拒絕。1650年，順治帝再度派遣使節團出使西藏，增加了禮物，邀請達賴喇嘛來北京。達賴喇嘛允許，他到達寧夏時，順治帝派大臣以及三千護衛前來迎接