國民健康署表示，事實上，菸捐是進入政府預算，並使用於「健康福利」業務上，取之於菸害，用之於健康與福利，包括吸菸者與不吸菸民眾，都是菸捐最直接的受益者；其使用項目包括：7成作為健保安全準備金，5%用於補助弱勢者健保費；其餘則用於: 執行公共場所禁菸稽查及其他菸害防制工作，提供戒菸服務，辦理弱勢者社會福利工作，辦理罕病防治、偏鄉醫療、各類醫療品質之提昇、孕婦健康與衛教、新生兒篩檢、兒童預防注射、癌症防治、肥胖防治等。