「ハ」は、「イロハ」の「ハ」です。
国鉄がこの記号を採用した頃は、3等級制でした。その等級にあわせて、

１等車…イ
２等車…ロ
３等車…ハ

としたのです。その後、いまのように普通車とグリーン車の2等級制にしたため、原則として「イ」はなくなり、グリーン車「ロ」と普通車「ハ」だけとなりました。その「イ」が近年復活しています。そのきっかけは、JR九州の「ななつ星in九州」でした。食堂車を除いた全車が「イ」を使っています。

電車の車両記号「クハ」「モハ」「クモハ」の意味 は？｜鉄道“超”基礎知識：達人に訊け！：中日新聞Web